植物保护专业是中央财政支持重点专业，也是学院开办历史最长和学生就业专业对口率最高的专业之一。本专业培养具有良好的社会主义价值观，具备现代企业优秀文化理念的，从事植物病虫害的检疫、测报、防治、高效农业生产与管理、农资生产与营销、绿色农产品生产与检验等工作的高端技能型专门人才。主要开设课程有：农作物病虫防治、农资生产与营销、病虫测报等课程。
毕业后在园艺、园林部门、农药生产企业、农资营销企业和技术管理单位从事植物保护方面的技术推广、检验、执法监督工作，还可在各级各类口岸、海关等从事植物检疫工作。
学生参与教师课题—万州猕猴桃溃疡病发生规律及综合防治技术研究。